未来，一场史无前例的地质灾难摧毁了人类文明，地球生物几近灭亡。旧世界的一座浮空堡垒因为其特殊性，侥幸度过了这场大灾难，天空中的幸存者为它取名为“灯塔”，寓意“照亮人类最后的未来”。
然后在大灾难之后，支离破碎的大地上逐渐出现了一种新的生态系统，诡异的植物在夜光下闪烁着微光，凶残的怪兽四处猎杀人类，俯瞰一切的灯塔人将这座空中城市当作了最后的庇护所。
为了更有效的应对末日的威胁，冷酷严苛的生存法则在灯塔内孕育而生，人们只能在扭曲压抑中勉强度日。同时，灯塔保持浮空需要不断的能源供给，在与日俱增的地面威胁下，他们组织了名为“猎荒者”的作战小队。
为了保证生存与延续，灯塔信奉理性和绝对的秩序，各个阶层分工明确，但始终无法解决根本问题，灯塔人口众多但是资源有限，为了保持灯塔稳定有序的运行下去，灯塔制定了严厉的三大生存法则，其中内容为：
1、鄙视抛弃旧时代的家庭，亲情，爱情，婚姻等观念。
2、明确等级机制，所有的一切分配制度都需要按照贡献点以及上级命令执行（即城主）。
3、灯塔通过基因检测将居民分为上民和尘民，上民身份地位远远大于尘民，拥有比尘民更多的生存权利，例如上民拥有繁殖生育被选择权，在物质方面的待遇也远远好于尘民。
灯塔上设置了光影协会以及城防军，其表面目的都是为了维持灯塔上的稳定秩序，在之前，我们都认为这三大生存法则的设置是为了能让灯塔人可以活得更久，但在最新情报中显示，城主设置残酷的生存法则其背后隐藏着一个惊天大秘密：筛选基因，为重返地面做准备。
从上面的三条生存法则中，我们可以看到其表面是为了维持秩序，避免混乱，其实它的真实目的是想通过基因检测，筛选出适合地面生存的基因。上民们的基因普遍比尘民优秀，这样的基因更适合于作战，马克和红蔻就是其中的佼佼者。
目前地面生态环境已经不适合人类居住，弱小的人类无法抵御噬极兽的攻击，也无法免疫腥红素的入侵，甚至还有其他未知的危险隐藏在暗处，灯塔人这样手无寸铁的重返地面只会成为噬极兽的食饵。为此，城主摩根参与了人类基因改造计划，让人类身体机能变得更加强大。
作为灯塔的头脑，摩根如果只是想着如何让人类在半空中活下去实际上是不现实的，能源总会消耗完，灯塔也不可能永远保持运转，猎荒者每次在地面采集物资都会遭到严重损失，人员补充已经面临困境。作为高瞻远瞩的城主，一定会想着找到一个可以一劳永逸解决问题的计划，这个万全之策是什么呢，那就是重返地面，再次成为陆地的主人。只有消除了自己制造出来的麻烦，人类才能完成赎罪，才能有尊严地活下去。
当然这个计划也不是一蹴而就的，而是需要历经几代人，甚至几十代人的基因定向选择才有可能成功，这也就是为什么上民虽然拥有繁殖生育权，但也只能是被动式的原因。但这种牺牲绝大部分人，只会让一小撮人拥有生存权利的做法注定是得不到大家理解的，在生存面前，每个人都是自私的。为此，灯塔要想实施这个计划，就必须学会伪装，学会隐忍。理解到这点，你就能明白《灵笼》所展现的故事内核是有多么震撼人心，与噬极兽的战斗虽然惊心动魄，但无声的计划才是灯塔最后的希望。
在当被马克告知地面上还有人类生存的时候，城主其实很清楚的明白，地面上确实还有人类生存，但我们灯塔人目前还做不到这点，灯塔还需要更多的时间来等待多年以前种下的希望种子发芽。当马克生命垂危进手术室的时候，强大的基因所展现出来的能力，让见惯了大场面的嘉莉博士也不禁感叹：马克才是灯塔上最大的财富。
在当马克送进焚烧炉，众人纷纷离开的时候，城主摩根的自言自语直接点明三大生存法则背后隐藏的企图，维持灯塔秩序只是表象，真实目的是为了培育出更适合在末日环境下生存的人类，这样才有希望重返地面，否则，人类一直栖息在“鸟笼”中是没有未来的。作为目前基因表现最强大的马克之死，城主心中的希望破灭了，实行了几十年的人类重返地面计划遭遇到了重大挫折。
而经历了绝望，看到马克破壁而出的瞬间，我相信占据城主内心更多的并不是恐惧，而是期待已久的欣喜，灯塔人类在此刻又重新拥有了希望，虽然距离重返地面还有很长一段距离，但在实验室中，马克的特殊细胞能吞噬脊蛊细胞就已经说明了当年城主与他老师团队的计划是可行的，何况不惧高温的“怪人”出现，让灯塔已经拥有了对抗噬极兽的武器，多年以后，人类或许会感谢这位“残忍”的城主吧。
在地面危机还没来临之前，生物科技水平已经非常发达，人类基因的无限潜力让人们感觉到永生指日可待，人类日益膨胀的贪欲造就了这场危机。面对人类自己滥用技术造成的危机，再次使用基因改造来企图消除危机，这招也实在是无奈之举，让人觉得非常讽刺。
《灵笼》作为一部末日题材的动漫，在宣传环境保护方面的手法也是独树一帜，通过描绘地面的寂静以及噬极兽的恐怖，而幸存的人类只能躲在灯塔中苟活，对比之下反映出人类破坏环境的代价有多么严重。而《灵笼》中季也即将完结，在后续剧情，相信灯塔处理完内部问题之后，将会废除三大法则，集体发起“重返地面”的总攻号角。
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